Atalanta

Gagliardini memulakan kariernya bersama kelab tempatan, Atalanta sejak dari kelab remaja sehingga ke pasukan simpanan. Beliau ditawarkan ke skuad senior untuk menghadapi musim 2013–14.

Pada 4 Disember 2013, Gagliardini melakukan penampilan sulungnya untuk Atalanta ketika perlawanan Coppa Italia menentang Sassuolo.

Pada 17 Januari 2014, Gagliardini berpindah ke kelab yang beraksi di Serie B, iaitu Cesena secara pinjaman selama enam bulan. Pada 25 Januari, beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Cesena sebagai pemain gantian setelah menggantikan Guido Marilungo pada minit ke-74. Dalam perlawanan itu juga, beliau menjaringkan gol pertama dalam kariernya ketika menentang Varese.[1] Pada 2 Februari, Gagliardini beraksi dari sepak mula perlawanan sehingga wisel akhir ditiupkan ketika menentang Virtus Lanciano.[2] Pada 6 Jun, Gagliardini telah dibuang padang setelah beliau dilayangkan kad kuning kedua pada minit ke-67 semasa aksi menentang Modena.[3] Gagliardini menamatkan tempohnya di Cesena dengan beraksi dalam 21 perlawanan dan menjaringkan satu gol.[4] Beliau membantu pasukannya untuk layak ke Serie A bagi kempen musim depan.

Pada 1 September 2014, beliau telah dipinjamkan ke kelab Serie B, Spezia selama satu musim. Pada 7 September, beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Spezia dengan menggantikan Juri Cisotti dalam perlawanan menentang Frosinone.[5] Pada 24 Januari 2015, Gagliardini telah beraksi sepenuh perlawanan untuk Spezia malah menjaringkan gol pertamanya untuk kelab itu ketika aksi menentang Frosinone.[6] Gagilardini menamatkan kempennya sebagai pemain Spezia dengan 14 kemunculan dan satu jaringan gol.

Pada 29 Julai 2015, Gagliardini berpindah ke kelab Serie B, Vicenza secara pinjaman bersama pilihan untuk dibeli secara tetap. Pada 9 Ogos, beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Vicenza dalam aksi pusingan kedua Coppa Italia menentang Cosenza.[7] Pada 15 Ogos, Gagliardini beraksi dalam perlawanan pusingan ketiga Coppa Italia semasa menentang Empoli.[8] Pada 6 September, beliau melakukan penampilan pertamanya di Serie B bersama Vicenza ketika menentang Modena.[9] Pada 27 Oktober, Gagilardini menjaringkan gol pertamanya untuk Vicenza semasa perlawanan menentang Trapani.[10] Pada 3 Disember, beliau beraksi dalam pusingan keempat Coppa Italia menentang Carpi namun beliau telah digantikan oleh Salvatore D'Elia pada minit ke-64.[11] Secara keseluruhannya, Gagliardini telah beraksi dalam 19 perlawanan dan menjaringkan satu gol.

Pada 15 Mei 2016, beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Atalanta dalam perlawanan Serie A semasa aksi menentang Genoa dalam perlawanan terakhir bagi kempen 2015–16.[12] Pada musim berikutnya, beliau telah diletakkan ke dalam kesebelasan utama pasukan dengan beraksi dalam 13 perlawanan Serie A untuk Atalanta.

Inter Milan

Pada 11 Januari 2017, Gagliardini berpindah ke Inter Milan secara pinjaman bersama pilihan untuk dibeli ketika musim panas 2018.[13] Beliau telah dipersembahkan pada dua hari kemudian dan diberi jersi skuad bernombor 5 (disarung oleh Felipe Melo sebelum ini yang berpindah ketika jendela perpindahan musim panas).[14][15] Gagliardini melakukan penampilan sulungnya untuk Inter pada 14 Januari dalam aksi menentang Chievo di San Siro. Beliau beraksi dari sepak mula sehingga tamat permainan sekali gus membantu pasukan Nerazzurri untuk meraih kemenangan Serie A buat kali kelima berturut-turut setelah Inter menundukkan Chievo 3-1.[16] Pada 5 Mac, beliau menjaringkan gol sulungnya untuk Inter ketika menewaskan Cagliari 5-1.[17] Pada musim berikutnya, Gagliardini menjaringkan gol menentang kelab lamanya, Atalanta dengan menyaksikan Inter membelasah Atalanta 7-1.[18]